引物设计技巧,引物设计技巧与方法

如何设计引物

引物设计有 3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。

引物设计有 3 条基本原则：引物与模板的序列要紧密互补。引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。

因此，如果想提高PCR反应的特异性，可以将引物的Tm设计得高一点，这样就可以把PCR的退火温度相应设定得高一点。

PCR引物怎么设计?

网址引物设计和验证的推荐网站为：Primer-Blast。这是一个专门设计用于在已知序列上设计引物或探针的工具。

引物5’端可以修饰。引物5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。验证引物的特异性：在“Primer Pair Specificity Checking Parameters”区，选择设计引物或验证引物时的目标数据库和物种。

PCR引物设计的11条黄金法则 引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。

引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。产物不能形成二级结构。 引物长度一般在15~30碱基之间。 G+C含量在40%~60%之间。 碱基要随机分布。 引物自身不能有连续4个碱基的互补。

PCR的技术的主要步骤及PCR引物设计的一般原则分述如下：PCR的技术的主要步骤：DNA变性：（90℃-96℃）：双链DNA模板在热作用下，氢键断裂，形成单链DNA。

以下给出的是网页上比较常见的黄金法则。事实上，有些人直接看序列就直接可以设计引物。其实，引物这种东西，并没有想象中的那么难。PCR产物以及有无二聚体这种东西，我用的PP5，实际上也不是绝对的。

如何进行引物设计?

1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。引物长度一般在15-30碱基之间。引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。引物3′端要避开密码子的第3位。引物3′端不能选择A，最好选择T。

2、序列特异性：引物设计完毕请使用 NCBI BLAST功能检索引物特异性，以避免非特异性扩增产生。注意： PCR的产量通常取决于PCR引物的3’端，引物间形成二聚体会降低扩增效率。

3、引物设计的实质：一小段单链DNA或RNA，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。

4、至少要在55-80℃之间，Tm值曲线以选取72度附近为佳，5到 3’的下降形状也有利于引物与模板的结合；引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。

5、如何利用Primer0进行引物的设计？首先，选取目的基因序列，对格式没有什么要求，只需要将目的基因序列复制就可以。打开File目录下的New，选择Sequence。

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